A systematic interactome of SET1C expands its functional landscape and identifies candidate regulatory connections
该研究通过酵母双杂交筛选构建了 SET1C 复合物的系统性相互作用图谱，揭示了其在 RNA 生物合成、核质转运及与 Snf2 染色质重塑因子互作中的新功能，并发现了 Set1 介导的 AT 结构域精氨酸甲基化这一新型调控机制。
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molecular biology
365 篇论文
DNA topological regulation by topoisomerase IIβ-DNA-PK interaction is important for controlled hypoxia-inducible gene expression
该研究揭示了 DNA 拓扑异构酶 IIβ（TOP2B）与 DNA 依赖性蛋白激酶（DNA-PK）通过磷酸化修饰相互调控，通过改变 DNA 拓扑结构来动态控制缺氧诱导基因在常氧下的抑制与缺氧下的激活表达。
Structure from Noise: Confirmation Bias in Particle Picking in Structural Biology
该研究通过理论与实验证明，在冷冻电镜和冷冻电子断层扫描的粒子挑选中，模板匹配和深度神经网络等方法可能因确认偏差从纯噪声中重构出虚假分子结构（即“噪声生结构”），并提出了相应的缓解策略以警示数据解读风险。
Diverse bacterial pattern recognition receptors sense the core phage proteome
该研究通过系统分析发现，细菌中至少存在 90 个结构不同的 STAND NTPase 家族，它们通过识别噬菌体的核心蛋白（如主要衣壳蛋白）并招募宿主因子（如 EF-Tu）来构建多样化的抗病毒防御系统。
More than just a passive brick in the wall: the nucleosome facilitates DNA polymerase β activity in linker DNA and its PARP-dependent regulation in the BER pathway choice
该研究揭示了核小体不仅作为染色质结构单元，更作为动态平台通过增强连接区 DNA 中 Polβ 的活性、协调 PARP1/2 与 FEN1 的调控作用以及拮抗组蛋白 H1 的抑制效应，从而精细调控碱基切除修复通路的选择与基因组稳定性。
The lncRNA FENDRR fine-tunes FOXF1 protein levels through a negative feedback loop governing human embryonic lung fibroblast-to-myofibroblast transition
该研究揭示了长链非编码 RNA FENDRR 与转录因子 FOXF1 在人类胚胎肺成纤维细胞向肌成纤维细胞转化过程中构成负反馈调节回路，其中 FENDRR 在蛋白水平上精细调控 FOXF1 的丰度，从而维持肺发育所需的剂量敏感性并影响肺血管发育。
Multi-objective Engineering of Trimethylamine Monooxygenase for Improved Thermostability and Cofactor Use
本研究通过多目标工程策略，在改善源自海洋副产物的三甲胺单加氧酶（mFMO_20）热稳定性的同时尝试恢复其对廉价辅因子 NADH 的兼容性，揭示了稳定性与辅因子活性之间的权衡关系，并获得了在热处理后仍保留较高 NADPH 活性及部分 NADH 活性的工程酶变体。
Repurposed small molecule toxin inhibitors neutralise a diversity of venoms from the Neotropical viperid snake genus Bothrops
该研究表明，通过重定位针对金属蛋白酶和磷脂酶的小分子抑制剂（如马米司他、DMPS 和瓦雷司他），能够有效中和新热带区 Bothrops 属多种蛇毒的酶活性及表型毒性，为蛇咬伤治疗提供了极具价值的早期干预策略。
A Real Time Quaking Induced Conversion (RT-QuIC) Assay for Detection of Misfolded Insulin Protein
本研究开发了一种实时诱导转换（RT-QuIC）检测法，成功将原本用于朊病毒检测的技术应用于识别与代谢疾病及衰老相关的错误折叠胰岛素，并通过重组蛋白、临床输液装置样本及小鼠模型验证了其在揭示胰岛素聚集机制及早期诊断中的潜力。
Thiol methyltransferase METTL7B coordinates lipid metabolism and promotes tumor progression in pancreatic cancer
该研究揭示了甲基转移酶 METTL7B 在胰腺癌中由 HNF4A/G 转录因子上调，通过促进脂滴积累和重塑脂质代谢（如降低长链甘油三酯并增加短链神经酰胺）来驱动肿瘤进展，提示其可作为潜在的治疗靶点。
"Editing the conserved IPA1-TB1 regulatory module reshapes plant architecture and enhances tillering in wheat
该研究利用 CRISPR/Cas9 基因编辑技术敲除小麦中保守的 TaIPA1 和 TaTB1 调控模块，成功重塑了植株株型，在增加分蘖数和穗重的同时未影响每穗小穗数，为培育高产小麦理想株型提供了新策略。
Leveraging quadplexed digital PCR to characterize gene therapy vectors
该论文提出利用四重数字 PCR 结合泊松 - 多项式模型，为基因治疗载体提供了一种高通量、低样本投入的早期产品质量筛选与表征方法，并评估了该模型的应用成效、局限性及最佳实践建议。
Protenix-v2: Broadening the Reach of Structure Prediction and Biomolecular Design
Protenix-v2 是一款集高精度结构预测与生物分子设计于一体的系统，其在抗体 - 抗原结合、GPCR 靶点发现及 SARS-CoV-2 迷你结合剂设计等任务中均展现出显著的性能提升与广泛的药物发现应用潜力。
Targeted sequencing of mutations via RNA-templated gap filling of oligonucleotides for single-cell RNA-seq
该研究开发了一种基于 BstFL 聚合酶 RNA 模板缺口填充技术的靶向测序方法，能够在单细胞水平上同时实现全转录组分析与多重突变检测。
In-cell structural insights into fungal ER stress responses
该研究利用冷冻电子断层扫描等技术揭示，酿酒酵母在应对内质网应激时，不仅会扩张内质网体积并激活自噬，还会通过增加细胞质和内质网上非活性 80S 核糖体的比例（最高达 25%）来适度抑制蛋白质翻译，从而缓解内质网应激。
Learning latent conformational landscapes encoded in cryo-EM
该研究证明冷冻电镜数据编码了具有物理基础且可实验验证的潜在构象景观，该方法不仅能与分子动力学模拟相互印证并揭示生物相关的连续构象状态，还能通过概率引导的粒子选择提升结构重构质量，从而为结构解析、发现与解释提供了新途径。
Neuron-specific epigenetic repression of Cdk5 impairs hippocampal-dependent memory in male and female mice
该研究利用 CRISPR/dCas9-HDAC3 表观遗传编辑工具，证实了在小鼠兴奋性神经元中特异性抑制 Cdk5 基因表达（通过降低组蛋白乙酰化水平）会损害雄性和雌性小鼠的恐惧及空间记忆，揭示了 Cdk5 的组蛋白乙酰化修饰对两性海马依赖性记忆均至关重要。
Transcriptional and spatial profiling of fibroblasts from human lungs highlights CTHRC1+ cells as fibrogenic signaling hubs in fibrosis
该研究通过整合单细胞转录组与空间转录组技术，绘制了特发性肺纤维化（IPF）患者肺成纤维细胞的高分辨率图谱，鉴定出 CTHRC1+ 亚群为促纤维化信号枢纽，并揭示了体外培养会导致成纤维细胞转录特征发生显著改变，从而强调了在药物研发中考虑原生组织异质性的重要性。
RPL38 controls 60S ribosomal subunit homeostasis to regulate start-codon stringency and frame selection during C9ORF72 RAN translation
该研究揭示核糖体蛋白 RPL38 通过调控 60S 亚基的稳态来影响起始密码子的识别严格性，从而在 C9ORF72 相关的 RAN 翻译中特异性地调节起始效率与阅读框选择。
Dual Recognition Drives Site-Directed G-Quadruplex Stabilization: Exploring Oligonucleotide Design in G4 Ligand-Oligonucleotide Conjugates
该研究系统探索了 G4 配体 - 寡核苷酸偶联物中寡核苷酸组分（如长度、骨架和序列互补性）的设计规律，揭示了杂交与配体结合的双重识别机制如何协同增强 G-四链体的结合稳定性与位点选择性，并证实了引入肽核酸（PNA）可进一步提升复合物的热稳定性与代谢稳定性。